L’Estonia è la più piccola delle repubbliche baltiche per superficie (45400 kmq) e numero di abitanti.
La densità della popolazione, con appena 30 abitanti per kmq, è tra le più basse in Europa.
Confina a sud con la Lettonia, ad est con la Russia, mentre a ovest e a nord è bagnata dal mar Baltico.
Le città principali sono Tallinn, la capitale, Tartu, la seconda città del paese, Narva nel nord-est, Kohtla-Järve e Pärnu, nota città balneare, nel sud del paese.
L’Estonia ha più di 1500 isole, delle quali solo una piccola parte sono abitate. Le isole maggiori sono quelle di Saaremaa e Hiumaa, a nord del golfo di Riga. Sull’isola di Saaremaa si trova la città di Kuressaare, che è anche la quinta città del paese per grandezza e numero di abitanti.
Ad est del paese si trova il lago Peipus, per metà estone e per metà russo, all’interno del quale vi sono diverse isole, alcune delle quali abitate.
L’Ema e il Narva sono i fiumi principali del paese.
Il Suur Munamägi, che raggiunge 312 metri di altezza, è il rilievo più alto non solo in Estonia, ma è anche il punto di maggiore altitudine di tutti i paesi baltici.